Sejarah pesantren diperkirakan bermula dari Islamisasi sistem pendidikan lokal dari masa Hindu-Buddha di Nusantara. Itu sebagaimana dicatat oleh Agus Sunyoto dalam buku Atlas Wali Songo.
Saat itu, padepokan dan dukuh didirikan untuk mendidik para cantrik. Wali Songo kemudian membuat padepokan dengan akulturasi nilai-nilai Islam.
Adapun pesantren artinya adalah tempat pendidikan Islam tradisional yang disertai asrama bagi muridnya. Ada yang berpendapat istilah pesantren berasal dari kata santri atau sasthri. Ada pula yang menyebut bahwa istilah tersebut berasal dari Bahasa Jawa Cantrik.
Di pesantren, terdapat santri, kiai atau guru, juga asarama atau pondok. Sistem pendidikan seperti demikian konon pertama kali eksis pada masa Sunan Ampel di Surabaya, lalu turut muncul di daerah-daerah lain.
