Rafflesia arnoldii dan Rafflesia hasseltii punya ciri-ciri yang berbeda, di mana R. arnoldii yang dilindungi lewat Keputusan Presiden RI No. 4 Tahun 1993 memiliki diameter raksasa 70-110 cm dengan pola bercak kecil merata serta ramenta tipe filiform, sementara R. hasseltii justru lebih mungil dengan diameter 30-50 cm dan bercak putih kemerahan yang lebar namun sedikit.
Habitat keduanya pun unik, sebab R. arnoldii sukses mekar pertama kali di luar habitat aslinya di Kebun Raya Bogor pada 2022 setelah upaya replikasi ekosistem sejak 2004, sedangkan R. hasseltii yang berstatus "genting" membutuhkan kelembapan tinggi di hutan primer dan sekunder seperti yang ditemukan peneliti BRIN Dr. Ridha Mahyuni, M.Sc., di Sijunjung bersama tim Oxford setelah pencarian selama 13 tahun.
Perbedaan keduanya juga terletak pada struktur ramenta, di mana R. arnoldii memiliki rambut panjang filiform lebih dari 5 mm, sedangkan Rafflesia hasseltii memiliki dua tipe ramenta, yaitu crateriform (ujung membesar seperti kawah) dan jamur (berbentuk toadstool) yang menjadi pembeda dalam klasifikasi botani mereka sebagaimana tercatat dalam literatur Agus Susatya maupun daftar konservasi IUCN Red List.
